从分子结构看，过硫酸氢钾分子与过氧乙酸极其相似，过氧键分别与硫原子、碳原子连接，但是过硫酸氢钾是无机物，其消毒有效成分是单过硫酸根离子（SOH5—），其稳定性要好于过氧乙酸。
　　从分子结构看，过硫酸氢钾应该是中性盐，其水溶液的酸性是由于复合盐中硫酸氢钾溶解产生氢离子造成的。但是过硫酸氢钾在酸性条件下稳定性要远好于中性条件，在碱性条件下则会快速分解。其对微生物杀灭机理可以解释为：
　　氧化作用，过硫酸氢钾在水溶液条件下，释放出新生态氧，直接对微生物细胞壁蛋白进行氧化反应。
　　释放自由羟基，干扰微生物的酶系统，迅速导致微生物蛋白分子失去活性。研究表明，过硫酸钾在作用于小分子有机物时，例如较长链的醛、胺类有机物，促进反应发生的是自由羟基。
杀菌特点：
　　本品所生产的有效活性成分（有效活性氧）浓度达7%-9%。仅需15min与水体接触时间就能有效杀菌。
　　在水体中通过链式反应会连续持久产生新生态氧【O】及其系列自由基，故在水体中保持杀菌能力时间长。
　　多种活性成分共存，抗菌谱得到扩展，使本品对细菌及其芽孢、真菌、病毒有效。
　　杀灭微生物效果受影响因素少。
　　不产生有毒有害“三致”副产物，仅K+、SO4略有增加（如按0.5ppm添加到水体中：K+增加量为0.03ppm；SO4增加量为0.06ppm）